Solo para aclarar algo la nomenclatura: el ARNi es un mecanismo (no una molécula), del cual la vía del microARN es (posiblemente) un subconjunto de.
Creo que podría estar preguntando: ¿cuál es la diferencia entre shRNA y microRNA artificial? Cualquiera de estas moléculas son las entidades que realmente activan el mecanismo de ARNi.
Mucha gente hace todo tipo de variaciones en la estructura canónica del shRNA, pero en general la región dúplex es completamente complementaria entre sí, y es de 19 a 20 (o 21) pb de dúplex. Para el shRNA, uno no puede controlar completamente la uniformidad del shRNA final, porque la maquinaria transcripcional siempre tendrá cierta heterogeneidad en los extremos 5 ‘y 3’.
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Tanto para shRNA como para miRNA artificial, el promotor y la secuencia de bucle es crítica. Hay algunas publicaciones sobre cómo optimizar la estructura / secuencia del bucle (Pubmed 23141545), y las pruebas de alto rendimiento han intentado optimizar el diseño de shRNA (Pubmed 21353615), por lo que si comienza desde cero, considere comenzar allí o eche un vistazo al seminal documentos a los que hacen referencia esas publicaciones.
El concepto de miRNA artificial surgió principalmente debido al efecto tóxico (hepato) observado en mamíferos de generar demasiado shRNA precursor de promotores U6 fuertes. Probablemente se podría aliviar esto cambiando el promotor, o hacer lo que hicieron Boudreaux et al (Pubmed 19002161) y hacer los miRNA artificiales, como usted dijo.
Entonces, supongo que depende de si estás tratando de hacer tus mutantes en mamíferos o no.
No veo que la decisión entre shRNA versus miRNA artificial sea el principal impulsor de obtener una fuerte destrucción de genes para hacer que su mutante. Más bien, es probable que sea la secuencia y qué tan bien la maquinaria de RNAi de la célula procesa el shRNA / miRNA para producir altos niveles de cadena guía cargada de Ago2.
Además de los artículos a los que hice referencia anteriormente, probablemente haya muchos artículos de Pubmed que discuten cómo construir casetes de shRNA. Pero, para miRNA artificial, puedes probar Pubmed 22365779.
O, por supuesto, podría hacer que sus mutantes utilicen las nuevas tecnologías de edición de genes como CRISPR.
