Las preferencias de codones en los procariotas probablemente se deban a la termodinámica y se seleccionan por la presencia de enzimas de restricción que seleccionarían ciertas combinaciones. Hay una tendencia en los virus a tener preferencias de codones que son similares a sus anfitriones, y también se observa que hay regiones de los genomas del huésped que tienen sesgos que se parecen más a los virus que los infectan.
Los eucariotas tienden a tener regiones de sus genomas con sesgos de codones distintos como uno podría sospechar, dada la observación de que hay variaciones distintas en el contenido de GC en sus genomas. Los sesgos son diferentes, pero no tan fuertes, entre los eucariotas, y una suposición educada sería que son artefactuales, sobrantes de la evolución y perpetuados por restricciones establecidas por varios factores vinculantes.
Desafortunadamente, me gradué antes de tener la oportunidad de comenzar a comparar seriamente los sesgos de codones de virus humanos con los sesgos de codones genómicos.
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