Soy biólogo molecular computacional sin experiencia en laboratorio húmedo. ¿Qué puedo hacer para aprender métodos experimentales importantes?

Estos desafíos en la transferencia de conocimiento siempre surgirán independientemente de la industria y el campo en el que esté trabajando. Siempre habrá situaciones en las que necesite comprender de manera efectiva lo que hace otro experto en la materia, pero no puede darse el lujo y / o el tiempo para aprender completamente lo que hacen.

Tengo que hacer mucho de esto ahora. El equipo de ciencias de mi laboratorio tiene que apoyar al equipo de operaciones y no podemos resolver este problema fácilmente mediante la contratación de operadores con educación no universitaria para que desempeñen nuestras funciones de banco y probablemente causaremos todo tipo de desviaciones y errores si permitimos que nuestro personal de banco comience a girar las perillas. Por lo tanto, la comunicación y la transferencia de conocimiento es muy importante para garantizar que todos estén en la misma página y podamos proporcionar información útil y significativa desde el banco hasta la operación a gran escala.

Lo primero y más obvio es la documentación de todo. Esta es la razón por la cual la educación científica K-12 se enfoca tanto en mantener buenos cuadernos de laboratorio. Alguien puede ser experto en lo que es, pero si esa información solo existe en su cabeza, nadie podrá replicar su trabajo. Los artículos de revistas realmente buenos presentan todos los matices y detalles de las condiciones necesarias para que un experimento funcione. Del mismo modo, los biólogos computacionales escribirán todos los detalles de cómo usaron esos datos. Por lo tanto, leer esos protocolos y procedimientos es el primer paso para que esto suceda.

Lo segundo es mucho mirar. Los japoneses incluso tienen un término específico para esto en Gemba, que es básicamente una abreviatura de Managing By Walking Around. Suponiendo que conoce el protocolo, puede observar a las personas que realizan los experimentos y darse cuenta de las cosas que no están en el protocolo. ¿Es necesario incluir esos detalles adicionales en el protocolo? ¿Hay otros elementos que pueden ser obvios para el experimentalista que no lo serían para usted? Incluso puede mejorar su comprensión al hablar con la persona. Simplemente preguntándoles “¿QUÉ MIERDA HICISTE?” Resolverá la mayoría de sus brechas en el conocimiento.

Como computacionalista, puede convertir los pasos experimentales en módulos programables. Diagramar todos los pasos individuales y confirmar que en realidad es lo que están haciendo ayuda mucho a comprender qué hace cada paso y por qué está allí.

Diagrama de ejemplo del uso de especificaciones de masa para predecir complejos de proteínas en las hojas.


El gran resumen para aprender cómo otras personas hacen su trabajo es simplemente pedirles que le expliquen qué están haciendo y por qué. Puede intentar hacerlo usted mismo simplemente leyendo y reproduciendo el trabajo, pero es mucho más práctico observar los experimentos en persona y luego hacer muchas preguntas para llenar todos los vacíos de conocimiento.

Comience a leer documentos en el campo. Realmente leerlos en profundidad, particularmente las secciones de métodos. Luego encuentre más y léalos. Resuma los métodos y comience a tratar de descubrir las fortalezas y debilidades relativas de cada método. Empieza a mirar la literatura para mí con documentos en el espacio, prestando atención a los refinamientos de métodos o nuevos enfoques.

Luego, hable con sus colegas experimentales sobre estos documentos para que pueda aprender lo que no está en los documentos y cuáles son algunas limitaciones del mundo real. Una vez me sentí frustrado por la elección de los plazos para un experimento de creación de perfiles de ARN: mis colegas señalaron que querían tener vidas, y tomar muestras cada 4 horas durante 48 horas (o algo así) fue agotador.

No tenga miedo de cuestionar respetuosamente las suposiciones y planes de sus colegas experimentales: he estado en múltiples proyectos que estaban girando sus ruedas porque los diseños experimentales o la ejecución estaban mal estropeados. Los controles que faltan, no hay réplicas y no se contabilizan las variables de confusión son errores comunes y debe estar alerta para ellos.

En la escuela de posgrado, a principios de los 90, mi laboratorio tenía un grupo trabajando en genética de pez cebra. Propuse un experimento usando tubos en Y para aislar mutantes olfativos, inspirado en el experimento de Seymour Benzer que aisló la mutación sin siete Drosohika . Un post-doc me guió a través de cálculos que, dada una dosis particular de mutágeno que se usaba en ese momento, necesitaríamos llenar todo el edificio con tanques de peces para detectar suficientes peces. ¡Fue alentador ver más tarde a Christianefont>slein-Vollhard y otros ejecutar exitosas pantallas de pez cebra al aumentar enormemente la dosis de mutágeno! Hubo intercambios involucrados, pero dieron resultado al éxito para esos grupos. Ese es el tipo de suposición que merece un desafío, incluso si la mayoría de las veces el desafío falla.

Seré breve y preciso. No es difícil como piensas.

1. Si está haciendo un doctorado, tome un curso introductorio, tanto de teoría como de laboratorio. Aprenderá mucho con preguntas de estudiantes universitarios que se encontrarían en un nivel introductorio pero son fundamentales para comprender cómo pensar en biología molecular, especialmente en la práctica.

2. Únete a un laboratorio y haz experimentos. Preferiblemente, tome un pequeño proyecto en el que sea independiente en el trabajo diario pero obtenga suficiente orientación para dirigir el proyecto en la dirección correcta. La mayoría de las técnicas experimentales son muy simples en principio. Es la ejecución (no romper equipos, no contaminar muestras, mantener controles) lo que es el verdadero negocio. Uno de esos proyectos, que abarca aproximadamente 6 meses, lo llevará muy lejos en biología molecular. El principio importante es que nadie realmente lo sabe todo. Las personas generalmente se centran en lo que necesitan aprender, trabajar y aprender cosas nuevas cuando necesitan aprenderlas.

Espero que sea de ayuda!