La respuesta a esta pregunta en realidad no es tan útil como uno pensaría. Después de los enormes esfuerzos de detección de alto rendimiento de casi todas las principales compañías farmacéuticas en los años 90, se dio cuenta de que el tamaño no importa. Lo que importa es lo que hay dentro y cómo lo usas.
Si habla con todos los equipos de HTS ahora, es mucho más importante tener diversidad química, moléculas bien definidas y un análisis confiable en lugar de una biblioteca enorme. Es mucho mejor obtener un compuesto de plomo significativo y luego optimizar el camino hacia un buen medicamento en lugar de tratar de encontrarlo de inmediato. Además, el uso de cribado basado en fragmentos con aglutinantes más pequeños podría proporcionar más intuición sobre el farmacóforo en lugar de un enfoque de fuerza bruta con moléculas más grandes y difíciles de manejar.
Esto también significa que necesitará la capacidad de probar compuestos a una concentración bastante alta y la capacidad de caracterizar aún más los compuestos. Algunas compañías (creo que Lilly o Sanofi) tienen políticas en las que si no puede sintetizar un mg de su compuesto, no ingresa a la biblioteca. Si no tiene suficiente material para avanzar, es posible que no tenga un valor suficiente ya que no puede usarlo para futuras pruebas.
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Para obtener más información, consulte la respuesta de Srikrishna Mallipeddi a En el proceso de desarrollo de fármacos, ¿qué es un compuesto de plomo? y la respuesta de Soumendranath Bhakat a ¿Qué fármacos se crearon utilizando el descubrimiento basado en fragmentos?
Stanford tiene una biblioteca de 130,000 moléculas, pero generalmente usarán primero su biblioteca de 10K y 30K. [1] Yale tiene una biblioteca de 140K. [2] Harvard tiene 500K pero también le gusta usar su biblioteca de 5K y 10K. [3] Para los grupos académicos, generalmente es suficiente obtener 1-10 resultados y luego hacer que algunos estudiantes de posgrado pobres en drogas lleguen a un medicamento potencial. Incluso lugares como la instalación GNF de Novartis se limitan a 1,7 millones de compuestos. [4]
Sin embargo, dado que la pregunta era quién tiene la biblioteca más grande, la respuesta sería la biblioteca compuesta de 4 mil millones de GSK que se generó utilizando una biblioteca codificada por ADN que detalla una biblioteca de 800 millones en Diseño, síntesis y selección de bibliotecas de moléculas pequeñas codificadas por ADN. [5] Tenían un documento de seguimiento que encontró otro compuesto de plomo mediante el cribado de 4 mil millones de compuestos. [6]
En resumen, puede acoplar un grupo funcional con una secuencia de ADN y simplemente combinar la biblioteca al azar. Pero dado que el orden y la estructura se detallan en la secuencia de ADN, una rápida amplificación y secuenciación de PCR le da el orden de qué productos químicos se agregaron y puede hacer un seguimiento de lo que era el compuesto. 
Se pueden encontrar más detalles en el análisis de Derek Lowe’s http://pipeline.corante.com/arch….
En teoría, también puede ampliar los límites utilizando estrategias de “evolución química dirigida” como las propuestas y desarrolladas por Pehr Harbury y David Liu. 
Pero como se mencionó, casi todos los equipos de HTS se están alejando del tamaño. En realidad, es cuestionable cuán diversa es esta biblioteca, ya que la mayoría de los compuestos son simplemente los mismos compuestos, pero con flag-methyls y flag-ethyls que realmente no proporcionan tanta información a nadie. Como señaló Derek Lowe, la mayoría de los autores del artículo original de GSK ya no están en la compañía, por lo que es cuestionable si GSK está utilizando activamente esta biblioteca.
tldr; GSK tiene una biblioteca compuesta de 4 mil millones que no utiliza.
[1] Bibliotecas compuestas para HTS
[2] Colecciones de cribado
[3] ICCB – Instalación de cribado de Longwood
[4] Instituto de Genómica de la Fundación de Investigación Novartis: Acerca de GNF
[5] Diseño, síntesis y selección de bibliotecas de moléculas pequeñas codificadas por ADN
[6] Descubrimiento de inhibidores ADAMTS-5 de molécula pequeña altamente potentes y selectivos que inhiben la degradación del cartílago humano mediante la tecnología de biblioteca codificada (ELT) – Journal of Medicinal Chemistry (ACS Publications)
