Del comentario a la pregunta, veo que lo que realmente se pregunta es sobre la diferencia de masa entre los protones libres “N” y los neutrones libres “M” en comparación con la masa del núcleo compuesta de N protones y M neutrones.
La diferencia entre la masa del núcleo y la masa de los protones y neutrones constituyentes es la energía de unión del núcleo. Esa energía de unión no proviene de ningún cambio en el número total de tipos de quarks involucrados en el núcleo. Por ejemplo, el protón contiene 2 quarks arriba y un quark abajo y el neutrón contiene 2 quarks abajo y un quark arriba. Todos esos quarks todavía están presentes en el núcleo.
Sin embargo, solo el 1% de la masa del protón proviene de la masa de los quarks constituyentes, el otro 99% de la masa del protón proviene de la energía de unión de esos quarks (vea la respuesta de Frank Heile a Por qué es tanto el protón). más masivo que el electrón, pero tiene la misma carga (para una explicación más completa).
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Por lo tanto, la energía de unión del núcleo proviene de cambios en la energía de unión de los protones y neutrones constituyentes en el núcleo, no de ningún aumento o disminución en el número de quarks.
Por cierto, si tiene curiosidad sobre la energía de enlace de varios núcleos expresada como el cambio en la energía de enlace por nucleón en comparación con la masa del protón, aquí hay un gráfico de esos datos: 
Tenga en cuenta que Iron 56 es el núcleo más unido y, si el protón es estable, ¡todo el universo eventualmente (después de [matemáticas]> 10 ^ {1500} [/ matemáticas] años) consistirá completamente en núcleos de hierro y agujeros negros! ¡Todas las estrellas eventualmente se convertirán en estrellas de hierro! Vea los últimos párrafos de la respuesta de Frank Heile a ¿Qué veríamos si pudiéramos ver cómo el universo se está muriendo? Me gustaría tener alguna explicación sobre lo que vería si pudiera seguir los eventos del colapso del universo. para más detalles.
