El número total de electrones en una molécula debe coincidir con el número total de protones en la misma molécula, a menos que esté ionizado. Los electrones en una molécula se repelerán entre sí de la misma manera que los electrones en un átomo se repelerán entre sí, pero su repulsión se vence por la atracción del núcleo hasta que la carga esté equilibrada.
En una molécula, en lugar de ser atraídos por un núcleo y repelidos por los otros electrones que orbitan ese mismo núcleo, los electrones más externos son atraídos por dos núcleos y repelidos por los otros electrones que orbitan en ambos. Para que haya un enlace químico, la energía de esa configuración debe ser menor que cuando los dos electrones se adhirieron a su núcleo original. Bit siempre es un equilibrio: lo positivo y lo negativo casi se cancelan, por lo que pequeños cambios en los niveles de energía pueden permitir que existan moléculas.
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