No tengo acceso a este documento en particular, por lo que no puedo decir mucho al respecto. En general, la calidad de los cálculos teóricos depende de las capacidades del usuario, más que de las capacidades del método. Antes de poder ejecutar una simulación, el usuario tiene que tomar muchas decisiones: qué método computacional usar, qué software usar, qué aproximaciones se pueden hacer, etc.
Para cada método (ab initio, DFT, mecánica molecular) puede elegir entre diferentes paquetes de software, a menudo especializados para sistemas particulares (estado sólido, biomoléculas). La mayoría de los grupos computacionales ayudan a desarrollar un paquete de software en particular y, en consecuencia, lo usan para sus cálculos.
Se necesitan aproximaciones para reducir el tiempo de cálculo (= costo). El problema con los cálculos de mecánica cuántica es el tamaño del sistema. Algunas contribuciones pueden parametrizarse (simplificarse) o incluso descuidarse. Por ejemplo, es muy atractivo usar modelos de agua en lugar de calcular explícitamente todas las moléculas de agua en el solvente. Existen diferentes modelos de agua, que van desde los más rápidos hasta los más precisos. El usuario tiene que averiguar qué modelo es apropiado.
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Los químicos computacionales (o biofísicos como en el artículo al que se vinculó) a menudo hacen cálculos para más de una aproximación y comparan los resultados entre sí y con datos experimentales. Esto lleva tiempo, pero también valida sus elecciones. Este paso a menudo es olvidado por (in) químicos orgánicos que desean calcular rápidamente una propiedad de un sistema. No digo que esto esté mal, siempre y cuando no le den mucha importancia a los resultados.
