Hmm, no estoy muy seguro de lo que quieres decir aquí. Hay varias opciones:
1) En la secuenciación regular de Sanger o qPCR donde solo desea secuenciar o amplificar ADNc (a partir de ARNm), es deseable diseñar sus cebadores a través de intrones (en una unión de empalme). De esta manera, el cebador no puede unirse al ADN genómico (donde el intrón no se ha empalmado). Esto permitirá una secuenciación o amplificación limpia incluso en presencia de rastros de ADN genómico. Por el contrario, puede diseñar el cebador en el intrón mismo (que no debe estar presente en una preparación de ADNc limpia) para detectar la contaminación del ADN genómico (esto puede ser útil ya que algunos genes no tienen intrones, por lo que se mide el nivel de señal que viene de ADN genómico sería útil).
2) En la secuenciación de la próxima generación, donde se ha secuenciado el genoma completo, es común hacer una secuenciación completa del exoma para ahorrar tiempo y dinero. Esto dejará los intrones (en gran parte) sin secuenciar. Para obtener una explicación de por qué desea secuenciar los intrones, consulte mi respuesta anterior a esta pregunta: ¿Qué información adicional podemos obtener actualmente de una secuenciación completa del genoma versus (solo) secuenciación del exoma?
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