Dos razones:
- No tienen un origen de replicación, un tipo específico de secuencia de ADN (que a menudo codifica varios genes) que la maquinaria de replicación bacteriana necesita para replicar el ADN. A medida que la bacteria se reproduce, el ADN no replicado básicamente se diluye, ya que está presente en un número cada vez menor de bacterias.
- Por lo general, son ADN lineales con extremos desprotegidos que son increíblemente vulnerables a ser masticados por las exonucleasas de ADN que la bacteria usa para eliminar o, a veces, reparar el ADN lineal.
A veces es posible que los fragmentos de ADN se integren en el cromosoma bacteriano o en un plásmido, en cuyo caso se replicará como parte de ese genoma o plásmido. Estos son generalmente eventos raros para los fragmentos de ADN más típicos y las cepas de clonación bacteriana más típicas, pero lo he visto suceder. Si el fragmento de ADN tiene regiones de ADN que son homólogas a parte del cromosoma bacteriano, la maquinaria de reparación de ADN de la bacteria tiene una mayor probabilidad de integrar el fragmento de ADN en su genoma, para muchas cepas bacterianas.
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