Mi regla general para las tecnologías relacionadas con PCR es verificar qué, si acaso, Stephen Bustin tiene que decir sobre ellas. En 2013, el equipo de Bustin publicó * directrices mínimas detalladas que consideran necesarias para publicar estudios de PCR digital . Esto me indica que la PCR digital está a punto de convertirse en la corriente principal, de lo contrario, ¿por qué Bustin publicaría pautas sobre cómo generar e informar datos de PCR digital ? Dicho esto, hay algunas generalizaciones que se aplican a lo que podría tomar para que la PCR digital se generalice. Exploremos algunos de ellos.
Contexto # 1: Al igual que qPCR , las nuevas tecnologías tardan años en convertirse en la corriente principal
qPCR en sí tomó muchos años para convertirse en la corriente principal. El laboratorio en el que estuve en NIH fue uno de los primeros en el campus en obtener una máquina de PCR Taqman en 1997. Avancemos rápidamente hasta 2002-2003 y, sin embargo, qPCR todavía era lo suficientemente nuevo como para formar parte de un grupo que solía enseñarle a Eli Los científicos de Lilly realizan pruebas básicas de qPCR en laboratorio húmedo en su campus de Indianápolis. ¿Por qué lleva tiempo que cierta tecnología se convierta en la corriente principal?
Contexto # 2: plataformas y protocolos definidos, análisis de datos simplificado
Estos son criterios clave para que la tecnología se traduzca de I + D a clínica. La traducción a la clínica a su vez es clave para que una tecnología se generalice. Con dos plataformas competidoras (basadas en chip o en gotas) y protocolos y análisis de datos relativamente complicados, la PCR digital aún no existe.
- ¿Es fijo el tamaño del espacio de la unión del espacio? ¿O cambia según las moléculas que pasan?
- ¿Qué son los microsatélites y minisatélites en el contexto de SNP?
- ¿Cómo se predicen / caracterizan las estructuras de ARN?
- ¿Cómo podemos eliminar o desactivar todos los ribosomas en una célula?
- ¿Dónde se encuentra el ARN?
A medida que se abre camino en el kit de herramientas de laboratorio estándar, la PCR digital aún puede surgir como un complemento de qPCR , ayudando a definir y validar los calibradores de qPCR , especialmente en kits comerciales y para detectar mutaciones raras difíciles. Después de todo, los estándares de referencia qPCR son su conocido talón de Aquiles, una debilidad que no afecta a la PCR digital, ya que realiza una cuantificación absoluta.
Contexto # 3: PCR digital está entrando en la imagen cuando NGS ( secuenciación de próxima generación ) está volcando simultáneamente el panorama de las tecnologías moleculares
Este contexto es ciertamente diferente entre qPCR y PCR digital . Cuando qPCR apareció en escena a fines de la década de 1990, podría llenar un vacío existente en términos de precisión (tanto la especificidad como la sensibilidad mejoraron enormemente) y la cuantificación (varios log veces mayor rango dinámico). La PCR digital aparece en escena al mismo tiempo que NGS ( secuenciación de próxima generación ). La pregunta abierta es si NGS se convierte en rutina en todo tipo de laboratorios, especialmente en clínicas, y para todo tipo de aplicaciones, como detección, diagnóstico, monitoreo y cuantificación de ácidos nucleicos. Esta ambigüedad con respecto a NGS crea espacio para que se establezca la PCR digital .
* Huggett, Jim F. y col. “Las pautas digitales de MIQE: información mínima para la publicación de experimentos cuantitativos de PCR digital”. Química clínica 59.6 (2013): 892-902. Página en clinchem.org
Gracias por el A2A, Anónimo.
