¿Cuáles son las diferencias entre el doedecil sulfato de sodio (SDS) utilizado en el curado de plásmidos y el SDS utilizado en SDS-PAGE para la electroforesis de proteínas?

Ambas SDS se refieren al mismo químico, y se usa para la misma función. Básicamente, es un detergente fuerte que desnaturalizará la proteína mediante la unión a las cadenas de polipéptidos y la linealizará.

En la preparación de plásmidos, las SDS ayudan a licuar las estructuras de la membrana para liberar los materiales genéticos. El presente de NaOH en el tampón de lisis con SDS desnaturalizará la doble cadena de ADN y es un punto crucial en la preparación del plásmido, pero aquí no es relevante.

Del mismo modo, SDS-PAGE funciona de manera similar, SDS linealiza la proteína, lo que es más importante, recubre los polipéptidos con carga uniforme y negativa.

Recuerde que el movimiento de cualquier molécula cargada en el campo eléctrico (como en el gel de poliacrilamida o agarosa) está determinado por su carga neta, tamaño y forma. Sin embargo, las proteínas nativas vienen en muchos tamaños, formas y su carga neta depende de la composición de aminoácidos, lo que hará que diferentes proteínas migren a una velocidad diferente.

Como resultado, la proteína tratada con SDS tendrá una forma lineal, carga negativa (dependiendo del tamaño, por supuesto), por lo tanto, migrará a través del gel de poliacrilamida a velocidad constante.

Espero que esto ayude.

Me temo que estás confundiendo tus términos. El doedecil sulfato de sodio (SDS, para abreviar) es un detergente utilizado para desnaturalizar proteínas. SDS-PAGE significa SDS Poly Acrylamide Gel Electroforesis. Este es un método mediante el cual se separan proteínas en función del peso molecular. Esto funciona agregando SDS a la matriz de acrilamida que mantiene la proteína desnaturalizada mientras se mueve a través de la matriz (se mueve a través de la matriz porque aplica carga). En teoría (si no es práctica), la SDS utilizada en cualquier caso (purificación de plásmidos o separación de tamaño de proteína) es la misma. Es posible que tenga diferentes grados de SDS (pureza), pero el químico es el mismo.