Depende de lo que quieras decir con “visualmente”.
Si quiere decir que la luz visible rebota y es interceptada por su retina, no hay forma de que un átomo pueda ser “visto” en este sentido directo. La longitud de onda de la luz visible es miles de veces más larga que el diámetro de cualquier átomo, por lo que es como buscar la firma dispersa de una sola acumulación en el patrón de onda que golpea la playa a kilómetros de distancia.
Si quiere decir por cualquier medio indirecto disponible, puede “ver” átomos usando microscopía electrónica de transmisión (TEM) o microscopía de túnel de exploración (STM) o microscopía de fuerza atómica (AFM), ninguno de los cuales utiliza luz de ningún tipo para producir las imágenes.
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Y puede “ver” la estructura de quark de los nucleones analizando la distribución de dispersión de 20 electrones GeV (por ejemplo).
En la medida en que las partículas más pesadas tienen longitudes de onda de Compton más cortas y, por lo tanto, son “más pequeñas” de alguna manera, supongo que la partícula “más pequeña” jamás registrada por cualquier medio sería el bosón de Higgs. Pero esto está muy lejos de “ver para creer” en el sentido habitual de “fotones directamente a la retina”.