Este nuevo virus sintético está hecho de péptidos que son cadenas lineales de residuos de aminoácidos, al igual que las proteínas en nuestros cuerpos. (Las cadenas de menos de 50 residuos se denominan arbitrariamente péptidos en lugar de proteínas). La secuencia peptídica particular que se usa para hacer este virus es un péptido de 27 residuos que, de acuerdo con la estructura propuesta por los autores, se enrolla en hélices de 4 nm de longitud y diámetro 2 nm, con 3.5 residuos por vuelta de la hélice.
Estas dimensiones tienen sentido. La distancia entre átomos unidos covalentemente en un esqueleto peptídico es un poco más de 0.1 nm. En particular, los átomos unidos covalentemente pueden estar más cerca que la suma de sus radios de van der Waals (0.17 y 0.155 nm para los átomos de carbono y nitrógeno que forman el esqueleto del péptido). Dado que los tres átomos por residuo en la columna vertebral tienden a zigzaguear, la distancia entre los residuos adyacentes puede ser de poco más de 0.3 nm. Esto significa que el giro de 3.5 residuos de la bobina tiene una circunferencia de aproximadamente 1.1 nm y un radio de aproximadamente 0.35 nm. Esto deja mucho espacio en el exterior del esqueleto del péptido, aproximadamente 0,65 nm, para que las cadenas laterales llenen el diámetro de 2 nm de la hélice.
La altura de 4 nm significa que las cadenas principales en las vueltas adyacentes de la bobina se apilan a unos 0,15 nm de distancia. Esto no deja mucho espacio vertical para las cadenas laterales, pero el hecho de que cada giro tenga 3.5 residuos, en lugar de un número entero de residuos, significa que las cadenas laterales están escalonadas, como se muestra en su Fig. 1 (b) y la imagen en su resumen, por lo que las cadenas laterales que se apilan verticalmente están separadas 0.3 nm. Sería interesante saber con más detalle cómo se estructuran las cadenas laterales y los grupos carbonilo, pero la estructura informada parece plausible.
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Los autores proponen que los péptidos en espiral formen un virus esférico mediante la disposición en un patrón de panal curvo. No afirman que los virus son monodispersos, pero un posible arreglo sería un icosaedro truncado; es decir, los péptidos formarían la costura de un balón de fútbol. Si las hélices peptídicas estuvieran separadas por 2 nm (una distancia igual a su diámetro), entonces el icosaedro truncado tendría un diámetro de 10 nm. Para que el virus tenga un diámetro de 13 nm (que los autores proponen, de acuerdo con sus mediciones de dispersión de rayos X de ángulo pequeño), los péptidos solo podrían formar cómodamente el icosaedro truncado con una separación de 2 nm a 2.5 nm a lo largo los péptidos de 4 nm de longitud. Si los péptidos se dispusieran radialmente, su borde interior solo estaría a 2.5 nm del centro del virus y los péptidos adyacentes solo estarían separados por 1 nm. Una posibilidad es que los péptidos mitiguen esta aglomeración torciendo, de modo que los extremos interiores se peguen a las caras de la estructura de panal. Otra posibilidad es que formen una estructura con menos péptidos, como un dodecaedro, pero luego los extremos exteriores de los péptidos estarían tan separados que no contribuirían a estabilizar la estructura del panal.
Sería interesante si los autores u otros pudieran hacer predicciones más precisas de la estructura del virus a través de mediciones adicionales o simulaciones de dinámica molecular.
