No es que sean incompatibles. Puedes cuantificar la relatividad general. El problema es que esta relatividad general cuantificada no es renormalizable.
La renormalización es una forma de hacer que la teoría sea coherente con las mediciones de laboratorio. Cualquier teoría física debe hacerse consistente con la observación mediante la introducción de una serie de constantes, es solo una cuestión de que hacer esto en mecánica cuántica es algo más complicado.
Entonces, el problema es que cuando construyes una teoría cuántica de la gravedad, realmente no tienes una forma de introducir valores observados en la teoría, por lo que es un desastre inútil como teoría (ya que no puedes hacer que describa observaciones) .
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Hay razones para pensar que cualquier teoría física sensata debería ser renormalizable, por lo que concluimos que simplemente cuantificar la gravedad de manera directa no es la forma correcta de desarrollar una teoría cuántica de la gravedad.
Dicho de otra manera, el verdadero problema es que no sabemos cómo construir una teoría cuántica de la gravedad que sea renormalizable.