No separas el ADN bacteriano del ADN humano físicamente. Hace una preparación de la biblioteca a partir del ADN que extrajo de la muestra antigua, y una vez que la secuencia, filtra bioinformáticamente todas las lecturas que no son humanas.
EDITAR: Gracias a Ian York por refrescar mi memoria: porque la secuencia original de Neanderthal de 2010 se realizó con tecnología 454 (ahora obsoleta), y esa tecnología es mucho más costosa que Illumina, que se usa hoy en día para> 90% de la secuencia realizada en todo el mundo. En general, el grupo de Svante Päabo utilizó hábilmente enzimas de restricción que eran cortadores infrecuentes en genomas de primates, que involucraban principalmente dinucleótidos CpG, para cortar las 454 bibliotecas antes de la secuenciación, por lo que todo lo que era principalmente microbiano fue parcialmente desintegrado y no terminó siendo secuenciado: Página en sciencemag .org Hoy en día la mayoría de las personas no se molestarían con esto porque la secuenciación se hizo más barata, y el filtrado bioinformático de las lecturas es una alternativa más fácil.
La parte difícil fue identificar el <1% del ADN humano moderno de personas que manejaban los huesos.
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