¿Cuándo comenzó a usarse ‘armonía’ también en relación con el orden natural (y no solo en la música)?

Desde el principio. La diosa griega Harmonia gobernó sobre la “unión”, su equivalente latino era Concordia. El término se aplicaba a la música porque la teoría musical trataba la música como matemática aplicada. La musicología antigua se centró casi exclusivamente en proporciones; La Edad Media continuó esta tradición. Los términos técnicos para la música, donde existen en tiempos premodernos, se derivan casi exclusivamente de esta tradición de análisis matemático. Los músicos reales no escribieron tratados hasta muy tarde, “Micrologus” de Guido d’Arezzo (décimo cen.) Es el primer trabajo que trata sobre prácticas musicales, estaba destinado a ser un texto de enseñanza para uso en servicios religiosos, más que la teoría de proporciones (que es lo que tienden a hacer los textos clásicos sobre música). Si miras el trabajo de Boecio (6to cen.) “Sobre la institución de la música”, la música se divide en tres tipos, la música mundana, que es la “música” de las esferas celestes, no entendida como una melodía audible, sino más bien apreciado como el movimiento de las estrellas y los planetas en un orden armonioso (podría ser “escuchado” intelectual o espiritualmente por los contemplativos avanzados); música humana, que consiste en las ‘armonías’ del cuerpo humano, el movimiento de fluidos, la respiración, etc. y finalmente música instrumental, que es lo que consideramos música. La música instrumental, que está hecha por el hombre, es el intento del hombre de imitar la naturaleza. Es decididamente inferior a los dos primeros. La agradable mezcla de sonidos audibles fue el significado posterior y secundario de la armonía.

Seth Fabian clavó esta respuesta. Pero le daré una solución general que funcionará para muchas preguntas de este tipo.

Fui a google en mi navegador y escribí “etimología de armonía” En la lista de resultados, esta fue la primera lista:

“Inglés medio tardío: vía francés antiguo del latín harmonia ‘unirse, concordia’, del griego, del harmos ‘conjunto’.

La etimología es el estudio de los orígenes de las palabras, y a menudo revela los significados de las palabras y cómo pueden haber cambiado con el tiempo.