Hay BioNOT http://snake.ims.uwm.edu/bionot/…
Artículo original: BioNOT: una base de datos de búsqueda de oraciones negadas biomédicas. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm…
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Se ha lanzado un nuevo recurso en línea que nos ofrece la oportunidad de descubrir lo que no está sucediendo en la ciencia.
BioNOT
es una base de datos de búsqueda gratuita de resultados negativos en biología y medicina.Los enfoques de minería de texto en la literatura científica se han vuelto cada vez más populares como una forma de ayudar a los investigadores a dar sentido a un número creciente de artículos. Pero han tendido a centrarse en los hallazgos positivos y a leer los negativos. En este sentido, desafortunadamente siguen la tradición de los propios científicos.
También es difícil buscar resultados negativos en PubMed, porque si escribe, por ejemplo, las vacunas NO asociadas con el autismo con la esperanza de encontrar documentos que muestren que las vacunas no causan autismo, pensará que está tratando de buscar “vacunas “y no quiero ver ningún documento que mencione las palabras” asociadas con el autismo “. Entonces terminas con 160,000 visitas sobre vacunas sin ninguna referencia al autismo. Hay formas de evitar esto, pero es sorprendentemente complicado.
BioNOT utiliza la minería de texto para extraer hallazgos nulos de una gran base de datos que incluye todo lo que puede encontrar en PubMed y también una gran cantidad de artículos de texto completo (algunos detrás de paywalls).
Los autores Agarwal et al de Wisconsin dicen que esto ayudará a mapear el “incidentaloma” (una palabra brillante que nunca había escuchado antes) para una enfermedad o rasgo dado, es decir, las regiones del genoma que resultaron no estar asociadas con él. . Sin embargo, debería funcionar para cualquier cosa, no solo para los genes.
Sin embargo, el sistema BioNOT no es perfecto. Los autores señalan que es bastante entusiasta al encontrar oraciones negativas.
Una prueba rápida del sistema lo confirma. Busqué 5 HTTLPR, el supuesto “gen de la felicidad”. Esto reveló que muchos artículos no encontraron ningún vínculo entre el gen y varias cosas. Pero también arrojó falsos positivos (qué irónico), como:
Los monos jóvenes y rhesus se dividieron en dos grupos … los que tenían, o no, la variante corta del polimorfismo 5-HTLPR
Esto solo nos dice acerca de los métodos de un estudio. No es un hallazgo nulo, pero hizo sonar las alarmas de BioNOT, presumiblemente porque contenía la palabra “no”.
Entonces, BioNOT es solo un primer paso, pero es importante.
http: //neuroskeptic.blogspot.com…
