La respuesta de Carla Sette es muy buena: es cierto que prácticamente todas las especies que se reproducen sexualmente tienen mecanismos para limitar la endogamia, que van desde la evitación de parientes hasta la dispersión de semillas y la reorganización de grupos como en los leones y otros animales de carga.
Sin embargo, vale la pena considerar dos aspectos de la endogamia que complican la historia. En la selección artificial, como en los animales domésticos, la endogamia es muy común. Si hay un objetivo específico (que, por supuesto, no es cierto para la selección natural, por lo que la pregunta formulada no tiene sentido), la endogamia puede corregir rápidamente los rasgos de interés. Esto lo vemos en razas de perros, ganado y muchos otros ejemplos.
Entonces, si la endogamia es mala, ¿por qué funciona esto? Primero, a menudo no funciona: las razas de perros altamente endogámicas son notorias por tener defectos junto con los rasgos deseados. En segundo lugar, en muchos casos el obtentor está dispuesto a tolerar defectos como una compensación por el rasgo deseado. Una vaca que produce cantidades prodigiosas de leche moriría en la naturaleza, pero el granjero está dispuesto a mimarla con dietas especiales y tratamientos especiales. Tercero, en algunos casos las especies son más tolerantes a la endogamia de lo que cabría esperar. Eso puede ser solo suerte, o puede deberse a que durante un largo período de poblaciones pequeñas, los genes nocivos se eliminan de la población para que la endogamia no revele todos estos malos rasgos a la vez.
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Esta es una explicación altamente simplificada de un tema complejo, y no es completamente relevante para la pregunta, por lo que la dejaré allí.