Los ratones son generalmente menos costosos que las ratas, tanto en la compra original como en la vivienda. A menudo son más fáciles de manejar (más dóciles) que las ratas, dependiendo de la tensión de cada una. En algunos casos, los reactivos, como los anticuerpos específicos, están más fácilmente disponibles para los ratones (esto es un problema circular: si los ratones se usan más ampliamente, entonces más personas fabricarán reactivos específicos para ratones, lo que a su vez los hace más populares) .
Hay más cepas de ratones disponibles y más ratones knockout y transgénicos. Construir nuevos knockouts y transgénicos es aún más fácil en ratones que en ratas. Una vez más, hay un pequeño componente circular aquí, porque más personas usan ratones, más personas refinan y mejoran las técnicas genéticas del ratón.
Todas estas razones (pero quizás especialmente el costo) significan que los ratones son la primera opción para estudios genéricos de laboratorio. Sin embargo, hay campos específicos en los que, por una razón u otra, las ratas se usan más ampliamente. Eso puede ser por razones históricas, si el trabajo inicial se realizó con ratas, entonces es posible que también deba validar su propio sistema en ratas, o puede haber razones biológicas. Por ejemplo, puede haber una cepa de ratas que desarrolle la enfermedad de interés, o puede necesitar el tamaño más grande para ver lo que está haciendo, o algo así.
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Los ratones y las ratas juntos constituyen la gran mayoría de los animales vertebrados de laboratorio, y los ratones son quizás dos veces más comúnmente utilizados que las ratas.