Es similar a cómo se forman la mayoría de las otras cosas como sílice, cuprita y hematita. Pero como la pregunta es sobre el agua específicamente, aquí va.
El hidrógeno es abundante en el Sistema Solar. En realidad, es abundante en el universo. Esto se puede demostrar simplemente por el hecho de que más del 99% de la masa del Sistema Solar se encuentra dentro del Sol, que se compone principalmente de hidrógeno y helio. Al ser solo un protón que atrae a un electrón cargado negativamente para neutralizarse eléctricamente, cualquier forma de materia tiene que pasar por hidrógeno durante un tiempo antes de fusionarse con otros protones para formar elementos superiores.
El oxígeno es un poco más difícil de fabricar. Dentro de una estrella, a medida que se quema, eventualmente, el hidrógeno se fusiona en helio. Esto aumenta constantemente la temperatura de la Estrella y da paso a la fabricación de elementos más altos por fusión. Los átomos de hidrógeno se fusionan para formar helio, el helio se fusiona para formar berellio. El hidrógeno se fusiona con helio para formar litio y mediante diversas permutaciones y combinaciones, todos los elementos hasta que se forma el hierro.
Podríamos extender esta discusión sobre cómo se forman los elementos más allá del Hierro y por qué es el Hierro el último elemento que menciono, pero dado que la pregunta es sobre el agua, todavía no diverge demasiado.
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Cuando una estrella se convierte en supernova o deja una nube de gas al morir, los elementos fabricados en su interior están a una temperatura más baja para reaccionar entre ellos y continuar su viaje sin la estrella. El hidrógeno abundante en el universo reacciona con este oxígeno formado y produce agua. Como el oxígeno es un elemento relativamente ligero (masa molecular 16), se fabrica en cantidades abundantes dentro de las estrellas que pueden o no convertirse en supernova. Entonces, hay mucha más agua en el Sistema Solar que Hierro. Mucho más hierro que oro. Y mucho más oro que uranio.
## EDIT ##
Para conceder el comentario de Jon Davis en mi respuesta, aquí hay una edición.
Una vez que se han creado los átomos de oxígeno y se han establecido en el espacio, no toma mucho esfuerzo encontrar un grupo de átomos de hidrógeno dispuestos a atacar, ya que el hidrógeno sigue siendo el elemento más abundante en el universo. Un problema al hacer agua es la temperatura. Tanto el hidrógeno como el oxígeno están demasiado fríos al reaccionar y necesitan un umbral de energía. Sin embargo, esta energía sigue siendo muy inferior y es proporcionada por el impacto de la colisión entre los átomos de hidrógeno y oxígeno. Esto sucede a gran escala en el Universo y, por lo tanto, mucha agua.
