En ese ejemplo específico en el detalle de la pregunta, no, no hay conflicto entre la teoría y la observación.
En resumen, estos dos procesos (fusiones y expansión de Hubble) suceden en diferentes lugares del universo, por lo que no hay contradicción.
En el universo, hay una jerarquía de objetos gravitacionalmente unidos. Por ejemplo, los planetas están unidos a una estrella, las estrellas están unidas dentro de una galaxia, las galaxias están unidas dentro de un grupo de galaxias / grupo de galaxias, los grupos / grupos de galaxias están unidos dentro de un supercúmulo, etc. Siempre que estén unidos, no estarán en realidad alejándose unos de otros en la expansión del Hubble.
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Cuando lees que las galaxias se están alejando de nuestra galaxia en la literatura popular, se están (muy probablemente) refiriendo a la expansión de Hubble, el hecho de que las galaxias distantes se alejan a medida que el espacio-tiempo se expande (que se describe por la ley de Hubble).
Pero dentro de un objeto unido gravitacionalmente, digamos, un cúmulo de galaxias, las galaxias dentro de él en realidad no se unen a la expansión del Hubble. Permanecen atados y no se expanden, por lo que algunos de ellos pasan por fusiones debido a la proximidad.