Los microarrays de ADN (‘chips’) eventualmente deberían quedar obsoletos, y ya casi lo son para el análisis de ARNm. La única razón por la que las personas aún los ejecutan es porque tienen chips sobrantes (o realmente baratos) y no tienen acceso o experiencia para RNA-seq. Dicho esto, las matrices aún mantienen algunas ventajas significativas para el genotipado.
Para el análisis de ARNm, los problemas notables incluyen: sesgo de verificación (solo detectan lo que hay en la matriz), hibridación cruzada (las sondas se unirán a secuencias no específicas o suciedad) y sangrado (se detectarán señales fuertes en pozos adyacentes; esto puede mitigarse con un diseño y análisis de microarrays adecuados).
Los mismos problemas se aplican al genotipado. Sin embargo, las matrices aún tienen algunas ventajas sobre las tecnologías de secuenciación, principalmente en costos de establecimiento. El genotipo eficiente del genoma completo mediante tecnologías de secuenciación requiere mucho más procesamiento de datos y un genoma de referencia, que no está disponible para todos y todas las especies. El genotipado por secuencia o secuenciación descremada (usando la definición más flexible) aún produce muchos datos faltantes. Si no sabe cuál es el problema de la falta de datos, busque cómo los estadísticos tratan los datos faltantes en Quora (respuesta: es difícil y no hay una buena solución).
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El buen análisis de datos, el diseño experimental y los procedimientos de laboratorio tampoco son triviales. Un instructor mío comentó que casi todos los trabajos de microarrays publicados antes de 2005 no valían nada. La publicación y los estándares experimentales han mejorado, pero muchos estudios aún tienen problemas o conclusiones débiles. Un informe típico es “vimos algunos cambios en este grupo de genes que representan el metabolismo”. Brillante. E inútil.
Ver aquí: Ventajas de RNA-seq sobre la tecnología de microarrays
