¿Es posible determinar qué alelo es dominante y cuál es recesivo con solo conocer la secuencia de los dos alelos?

No ahora. Para saber esto, tendría que haber resuelto uno de los problemas más importantes y complejos en biología: el mapeo del genotipo al fenotipo.

El dominio y la recesividad se definen en términos si el fenotipo observado y su correlación inversa con el genotipo. Imagina que eres increíblemente afortunado y este gen codifica una proteína que no interactúa con nada más y produce tu fenotipo. Para conocer el efecto fenotípico de un gen a partir de su secuencia, aún tendría que saber exactamente la estructura de la proteína producida. Y a partir de las dos estructuras, sepa cuál es la que produce el fenotipo y cuál no. Y a qué concentración lo hace.

Y esto es como ganar la lotería en términos de la complejidad real esperada. En realidad, su gen probablemente está involucrado en una compleja red de interacciones con otros genes. Probablemente su fenotipo sea el resultado de algo así como 200 genes que interactúan, de los cuales su gen tiene un papel regulador en algún punto intermedio. Para empeorar las cosas, el factor decisivo crucial para cuando el fenotipo se produce realmente, probablemente esté enterrado en una pequeña porción de la historia del desarrollo del organismo. Entonces, por ejemplo, es posible que tenga que mirar la segunda semana de gestación para la regulación positiva de este gen que ocurre solo en un par de tejidos en ratones.

Como puede ver, este es un problema muy difícil y es probable que sigamos trabajando durante décadas o más.