1. Bohr trató los electrones como partículas donde, de acuerdo con la hipótesis de De Broglie, que tiene una masa muy baja, el electrón también exhibe naturaleza ondulatoria.
2. El modelo de Bohr era adecuado solo para el núcleo que tenía un solo electrón, por ejemplo, Hidrógeno, He + 1, Li + 2, etc. El modelo de Bohr no podía explicar el espectro de los átomos multi-electrónicos.
3. El modelo de Bohr era bidimensional donde un átomo es tridimensional.
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4. Usando un mejor espectrómetro, los espectros mostraron líneas muy finas. El modelo de Bohr no pudo explicar el origen de esas líneas finas. (Resuelto por Arthur Sommerfield, quien imaginó electrones orbitando en diferentes planos y con órbitas elípticas).
5. El modelo de Bohr no pudo explicar el efecto del campo eléctrico y el campo magnético en los espectros. (Efecto Stark y efecto Zeeman)
6. En la ecuación de Bohr, el momento y la posición del electrón que gira alrededor del núcleo estaban bien definidos. Pero, según el principio de incertidumbre de Heisenberg, es imposible medir con precisión la posición y el momento de los electrones. Si la posición se mide con la máxima precisión, habrá incertidumbre en el valor del momento y viceversa.