Cómo descubrir nuevos genes en un organismo y qué hacen

En el pasado, los científicos se acercarían a la región general donde residen sus genes de interés y caminarían por los cromosomas para encontrar exactamente dónde está el gen.

No viví en esa época, pero lo aprendí durante mi licenciatura 2003–2006. Pero por lo que parece, es bastante tedioso.

Durante la era de la genómica temprana, se analizaron los ADNc, en forma de EST (etiquetas de secuencia expresada) y se predijo la secuencia de codificación putativa de los genes. Tenía la impresión de que este procedimiento relativamente simple + computacionalmente automatizado era lo suficientemente bueno como para predecir correctamente muchas proteínas de las transcripciones.

Dos formas principales en que los científicos investigan la función de un gen es a través de experimentos de sobreexpresión (ganancia de función) y derribo o pérdida de función (pérdida de función). Después de introducir / interrumpir el gen de interés, el científico observará el nuevo fenotipo.

La sobreexpresión se realiza típicamente a partir de plásmidos de expresión o vectores virales en ensayos in vitro, o mediante knock en ratones.

Knockdown típicamente hecho usando siRNA.

La eliminación previa se realizó principalmente mediante recombinación genética para alterar el gen de interés. En la actualidad, casi todos usan CRISPR / Cas9.

En general, los genes se identifican por secuenciación de ADN: la mayoría (pero no todos) los genes se pueden reconocer en la secuencia del genoma o en el transcriptoma (ARN) de un organismo.

La función de enclavamiento puede ser muy difícil. Por ejemplo, muchos genes en E. coli no tienen una función atribuida definitivamente. Para ver algunos progresos en ese frente, mira mi publicación Envases de novela de embolsado a través de metabolismo de especificaciones de masa

Gracias por A2A. Los dos enfoques más comunes son FORWARD (Forward genetics) y REVERSE Genetics (Reverse genetics). Estoy practicando genómica funcional, por lo que mi favorito personal es el anterior. Pero, en realidad depende de muchos factores, cuál es mejor.

Hay diferentes maneras.
Aquí hay uno relativamente simple. En la levadura, el genoma ya está secuenciado, pero se desconoce la función de muchos genes.
Realicé un examen genómico de la biblioteca (dar a las células genes adicionales al azar). Busqué qué genes tendrían un cierto efecto cuando se sobreexpresen. Una vez que encontré uno, pude secuenciarlo y determinar qué gen era. En ese punto, podría tener una pista para la función. También podría compararlo con secuencias en otras especies y buscar genes similares.
También puede crear mutantes aleatorios y detectar un fenotipo específico. Si es dominante, haga una biblioteca genómica (no difícil) y colóquela en nuevas células para buscar el fenotipo. Si es recesivo, use una biblioteca existente para detectar el gen que invierte el fenotipo. Entonces sabes una cosa que hace