El efecto fundador es un caso especial de deriva genética, que ocurre cuando un pequeño grupo de una población se separa de la población original y forma uno nuevo.
En la figura que se muestra, la población original tiene un número casi igual de individuos azules y rojos.
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Algunos de estos individuos se separan de la población original durante un período de tiempo. Éstos fueron una vez parte de la población, pero no lo representan como un todo.
Por ejemplo, la población denotada por puntos rojos se separa de la población original. Ahora, esta población puede tener menos variación genética que la población original y, durante un período de tiempo, estos puntos rojos que fundaron este nuevo grupo pueden afectar fuertemente la composición genética de la población en el futuro.
La variación en la frecuencia de genes entre la población original y la colonia también puede provocar que los dos grupos diverjan significativamente en el transcurso de muchas generaciones. A medida que aumenta la varianza, o la distancia genética, las dos poblaciones separadas pueden volverse claramente diferentes, tanto genéticamente como fenotípicamente.
Como la nueva población depende totalmente del fundador, se llama el efecto fundador.
