Todas las respuestas hasta ahora pueden identificar genes plausibles bajo selección. En otras palabras, identifican correlaciones. Pero para encontrar la causalidad, tienen que estar asociados con el fenotipo y el medio ambiente.
Idealmente, se necesita un experimento controlado. Esto se puede hacer de manera clásica a través de experimentos de segregación, o utilizando métodos modernos que utilizan enfoques de biotecnología. Sin embargo, hay una pregunta sobre si un experimento artificial y controlado realmente puede representar la naturaleza. Los estudios observacionales son posiblemente mejores que los experimentales. Para ser técnicos al respecto, los experimentos de observación son más representativos de la realidad, los experimentos de manipulación son más poderosos.
Dado que la gran mayoría de la biología evolutiva es retrospectiva, los experimentos no siempre son posibles. Sin embargo, se ha establecido un gran cuerpo de teoría evolutiva en el siglo pasado. La investigación evolutiva moderna implica sugerir una hipótesis (por ejemplo, sugerir que el rasgo x es adaptativo), y luego construir un modelo matemático riguroso a su alrededor. El modelo matemático es “probado” para la consistencia interna. Posteriormente, se puede proporcionar evidencia empírica para apoyar este modelo. Los modelos avanzados pueden diferenciar entre los efectos que a menudo se confunden: es posible separar la deriva, la mutación, la selección, etc., hasta cierto punto.
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