Bueno, la primera respuesta es que los gemelos tienen, de hecho, los mismos genes (o alelos, para ser precisos). Pero imagino que te refieres a dos hijos no gemelos.
En ese caso, su intuición es correcta, existe la posibilidad, aunque increíblemente pequeña, de que dos descendientes de los mismos 2 padres tengan exactamente los mismos alelos en cada locus (o, como lo dice, tienen los mismos genes). Sin embargo, esta probabilidad es pequeña.
Para poner algunas estimaciones de parque de pelota, cada descendencia tiene algo así como 80 nuevas mutaciones en su ADN. Muchos harían poco o nada al fenotipo, pero si quieres ser estricto, debes considerar esto. Incluso si el cruce no ocurriera (por ejemplo, si hubo una enfermedad genética en ambos padres que lo impidió) dos descendientes tendrían que tener exactamente las mismas mutaciones, o ninguna en absoluto. Esto ya es una pequeña probabilidad.
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Los humanos tienen una tasa de mutación promedio de ~ 2.5 × 10−8 por base con un poco más de 3 mil millones de pares de bases (según wikipedia). Si suponemos que las mutaciones ocurren de manera uniforme (lo cual no ocurre), entonces la probabilidad de que dos gametos no sufran mutación (tener la misma mutación en el mismo lugar es una probabilidad insignificantemente pequeña) ya está por debajo de las capacidades de mi calculadora (probablemente menos de 10 ^ -35). Si agrega recombinación, la probabilidad se vuelve tan pequeña como para decir simplemente que es cero.
Entonces, no, no hay millones de combinaciones, ni miles de millones, trillones o cualquier número que podamos nombrar. La probabilidad es más como 1 en un Googol.