Los transgenes no se comportan de manera particularmente diferente a los genes normales.
Dicho esto, dependiendo de su inserción, podrían no ser completamente estables por varias razones. Estos incluyen inserciones / transcripciones aberrantes, inserciones múltiples u otras razones extrañas que no se han explorado por completo. Algunos de los primeros casos documentados de interferencia de ARN fueron el resultado de transgenes. Aquí hay una imagen de Petunias que tenían genes para la chalcona sintasa (color púrpura / producción de antocianinas) insertada; en algunos casos, en realidad producía flores blancas.
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Sin embargo, los ingenieros genéticos generalmente seleccionan transformantes estables. La estabilidad incluye mostrar la segregación mendeliana durante generaciones. No hay razón para esperar que estos transgenes no sean estables.