¿Por qué las bandas de ADN cerca del fondo del gel parecen más débiles que las bandas cerca de la parte superior?

Hola..

La intensidad de las bandas de ADN depende de la concentración de ácido nucleico en la muestra. Si el ADN se aísla mediante el método manual, encontrará muchas bandas gruesas brillantes de ARN y otros ácidos nucleicos más pequeños en una región de menor peso molecular que en una región de mayor peso molecular. Si el aislamiento se realiza mediante un método basado en un kit, obtendrá bandas de ADN limpias de igual intensidad siempre que no sean ADNc.

Espero eso ayude.

Por supuesto, todos los demás tienen razón, el tamaño es el factor principal, pero no debe olvidar que EtBr tiene una carga opuesta al ADN, por lo que mientras el ADN migra “hacia abajo”, EtBr migra “hacia arriba”, formando una especie de gradiente, donde la concentración más baja está en la parte inferior y la más alta en la parte superior, lo que también afecta la visibilidad de las bandas más bajas (fácil de verificar: procese las mismas muestras en un gel “doble”, las muestras del gel superior se verán más brillantes que las inferiores, ya que EtBr dejó (hasta cierto punto) la parte inferior, pero no la parte superior).

No estoy en desacuerdo con las otras respuestas, pero quería agregar que las cadenas cortas de ADN que se encuentran en el fondo del gel son un grupo difuso de cadenas de ADN, algunas rectas. algunos acurrucados por eso todos son una mancha en la parte inferior. En ese pequeño tamaño, no todos migran exactamente a la misma velocidad.

La otra cosa a tener en cuenta es que la tasa de migración no es una relación lineal con el tamaño. Es por eso que la distribución del tamaño de las escaleras de tamaño de ADN es como es. De nuevo, eso da como resultado más una mancha de ADN hacia el fondo.

La señal del ADN está directamente relacionada con la cantidad de marcador que se une a él. Cuanto más grande es el ADN, más se une el marcador. El ADN más pequeño migra más rápido. Por lo tanto, el ADN que viaja más rápido también es el más pequeño y tiene la menor señal.

QED