Respuesta más larga: no lo sabemos.
Obviamente, no hay nada mágico en 20 aminoácidos. Muchos más son partes de sistemas metabólicos típicos. Por ejemplo, la ornitina está en la ruta de la arginina para sintetizar toneladas; ácido pipecólico en algunas rutas para degradar la lisina. La leucina y la isoleucina son terriblemente similares; quizás la vida podría haber prescindido de uno. Los ribosomas introducen dos aminoácidos más con señales de contexto: selenocisteína y pirrolisina (los eucariotas no producen esta última). Ahora sabemos que existen los Stevie’s en los cuales toda terminación traslacional es contextual; carecen de codones de parada dedicados.
Por desgracia, solo tenemos un conjunto de vida para reflexionar, por lo que realmente no sabemos si funcionaría bien con codones de 2 bases y 16 aminoácidos (quizás usando el contexto para detenerse y colarse un poco más). O codificación de 4 bases con más degeneración o quizás un conjunto más expansivo de aminoácidos incorporados.
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La codificación de 3 bases tiene propiedades atractivas, pero no debemos confundir eso con el conocimiento de por qué este esquema es el que tenemos.