Con frecuencia, lo que sucederá es que tomará bases de ADN que están etiquetadas con un color fluorescente particular (A es rosa, C es verde, etc.) y se modifican para que no se puedan agregar otras bases después de ellas.
Toma estas bases especiales y las mezcla en una mezcla de PCR estándar (bases de ADN normales, enzima polimerasa y una tira de cebador de cadena sencilla para indicar dónde desea que comience la replicación). Cuando amplifique el ADN, procederá normalmente … hasta que una de sus bases modificadas especiales aparezca aleatoriamente y detenga la transcripción en seco. Si amplifica lo suficiente, entonces, por pura casualidad, habrá tiras de ADN con una base fluorescente especial en cada posición, por lo que tendrá algunas hebras que se detendrán en 5 bases de largo, algunas hebras que se detendrán en 6, algunas que se detendrán a las 7, y así sucesivamente.
Luego, ejecuta el ADN en una tira de gel empujada por una corriente eléctrica, y las hebras más cortas se empujarán más y más rápido. Eventualmente, tendrá un gel que se parece a Rainbow Road de Mario Kart, con cada banda de color que representa una base de ADN diferente. Deslizas la tira de gel en una máquina que lee los colores y los pone en orden, ¡y boom! Secuenciado.
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