Para una primera aproximación, el ADN existe para almacenar el código necesario para especificar las secuencias de aminoácidos de las proteínas. Esa no es toda la historia, pero lo suficientemente cerca.
Simular la traducción de una secuencia de ADN en la secuencia de aminoácidos en una proteína sería relativamente simple. Pero no muy útil. La secuencia de aminoácidos es la estructura primaria de la proteína, pero eso es solo una pequeña parte de la historia.
La secuencia de ADN se copia en el ARNm y se envía al ribosoma. Allí las secuencias de nucleótidos de ARN se traducen en aminoácidos. A medida que la cadena de aminoácidos crece, comienza a enrollarse y enredarse en una estructura 3D con varios sitios activos o puntos de anclaje sobresaliendo. Cuando el robosoma golpea un codón de parada, libera la cadena de proteínas. Que flota libre y se enreda un poco más. Casi todas las moléculas de proteínas de una secuencia de aminoácidos dada se enredarán exactamente en la misma forma. Después de eso, las enzimas modifican la cadena de proteínas, por ejemplo, cortando bits o creando enlaces cruzados entre cadenas.
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Finalmente, tiene una proteína completamente terminada lista para realizar sus funciones catalíticas o estructurales. Tiene sitios activos que adsorben sustratos, coenzimas, ligandos, etc. Estos interactúan de manera específica con otras proteínas y otros químicos. Cuando adsorben una molécula de sustrato, se retuercen. Otro aminoácido en la misma u otra proteína gira para catalizar un cambio y luego todo se restablece listo para que la próxima molécula de sustrato llegue lista para su procesamiento.
Si puede escribir una pieza de software que pueda crear la secuencia de ADN necesaria para generar una molécula de proteína de forma arbitraria que reúna al grupo activo adecuado para aplicar el sustrato correcto, entonces ayúdese con un premio Nobel. Tener un par, física y química para empezar. Agregue una medalla Fields para el modelado matemático. Patentarlo y retirar un trillonario instantáneo.
