Esta pregunta se refiere a uno de los aspectos más difíciles de la química orgánica. Me temo que no hay una respuesta fácil.
La química orgánica no es plana en 2 dimensiones: las estructuras son 3D y no siempre es fácil de entender. Esto será cada vez más importante cuando pases a cosas como las reacciones enantioselectivas.
Supongo que la única opción es dibujar (algo que debes hacer de todos modos: nadie aprende química orgánica al observar las reacciones: debes escribirlo, lo que en el caso de las reacciones orgánicas se reduce a dibujar).
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Usamos enlaces punteados y en cuña para visualizar los átomos que se pegan hacia abajo o hacia arriba del papel, pero supongo que lleva un tiempo acostumbrarse.
Si eso no te ayuda, puedes construir modelos tú mismo. Solía tener un pequeño juego de pelota y palo que usé durante el estudio.
Eché un vistazo rápido a ver, por ejemplo, Molymod modelo molecular orgánico / inorgánico set-Jr. universidad (tenga en cuenta que no hice una búsqueda exhaustiva, puede encontrar otros o más baratos)
Existen algunas otras herramientas que pueden ayudarlo.
La universidad de Liverpool tiene un excelente sitio web con algunas visualizaciones en 3D de algunas reacciones orgánicas: Animaciones de química orgánica
Otra herramienta excelente es VKM Mini: puede dibujar moléculas y darles la vuelta y cambiarlas a modelos de alambre, bola o relleno de espacio. Como ejemplo, he agregado las estructuras generadas por VKM mini de la misma estructura simple que la anterior (también conocido como metanol).
Pero el modelo puede manejar moléculas más avanzadas: acabo de agregar a Seroquel una marca de AZ con el nombre genérico Quetiapina como molécula nombrada, que el software cambió inmediatamente a:
lo mismo que
Personalmente, creo que este último es mucho más claro, pero a veces tienes una representación más 3D y la gran ventaja del software es que puedes girarlo y girarlo.