Dada su distribución, el haplogrupo mitocondrial U1a3 probablemente se originó en el suroeste de Asia durante el período mesolítico.
La mayoría de las personas en el haplogrupo parecen ser de la costa occidental del sur de Asia, en particular, pero ciertamente no se limitan a su alta frecuencia entre los cristianos de Malayali. Entonces, si tuviera que adivinar el país de origen de una persona U1a3 elegida al azar, diría India o Sri Lanka.
¿Eso hace que el sur de Asia sea su lugar de origen? Probablemente no. Se encuentra entre los cristianos asirios y en Sicilia. Si bien no podemos descartar absolutamente el origen en el sur de Asia, la explicación más parsimoniosa es la que requiere la menor cantidad de migraciones. U1, el clado padre, se originó en el suroeste de Asia hace unos 32,000 años. Sus clados hijos pueden haber comenzado alrededor del Último Máximo Glacial hace unos 26,000 años. U1a3, entonces, habría estado entre las poblaciones mesolíticas de la Media Luna Fértil. Podría haberse movido hacia el oeste hacia la Europa mediterránea y hacia el este hasta el sur de la India y Sri Lanka en cualquier punto entre el Último Máximo Glacial y la invención de la agricultura hace unos 12,000 años, o tal vez después, propagado por aquellos que ya tenían trigo y vacas. No hay forma de saberlo.
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Estos plazos son tan largos que eclipsan nuestra comprensión de la historia. También son lo suficientemente mayores como para ser anteriores a cualquier grupo étnico moderno, religión, etc. En comparación, U1a3 puede haber estado en India y Sri Lanka cuando toda Gran Bretaña estaba cubierta de hielo .
Lo más importante que sucedió con U1a3 más tarde es que se convirtió en un haplogrupo relativamente común en el sur de la India. Por lo general, cuando un haplogrupo mitocondrial se expande, se debe a una deriva aleatoria. Las mujeres no tienen un número significativamente mayor de hijos que las demás, por lo que no hay Genghis Khans de ADNmt. Dio la casualidad de que, con el tiempo, suficientes mujeres U1a3 tuvieron suficientes hijas en suficientes poblaciones sobrevivientes para que el clado se volviera común.
¿Cuando esto pasó? Nuevamente, no lo sabemos, pero la explicación más parsimoniosa es que sucedió antes. Para cuando el cristianismo llegó a Kerala, U1a3 ya habría estado allí. No es probable que haya ocurrido con mujeres sirias durante los tiempos históricos. Sin embargo, podrían haber reforzado las poblaciones existentes de U1a3. Sabemos que comunidades enteras de sirios llegaron a Kerala, con Tomás de Cana, pero probablemente no fueron lo suficientemente grandes como para explicar a toda la comunidad, y mucho menos que U1a3 sea evidente entre hindúes y budistas tanto en Kerala como en Karnataka y en toda India y Sri Lanka. .
En resumen, si U1a3 es su haplogrupo, no tiene una forma actual de saber cuándo llegó la línea de la madre de la madre de su madre al lugar donde sabe que se originó. Podría haber sido hace 5 generaciones, un migrante sirio de alrededor de 1900, hace 50 generaciones, con Tomás de Cana, o hace 500 generaciones, mucho antes de la historia registrada.