¿Cómo es que la ADN polimerasa necesita un cebador y la ARN polimerasa no?

¡Esta es una pregunta profunda y fascinante! Primero, te daré la versión ‘sin explicación’:

La corrección de pruebas y ‘comenzar desde cero’ (comenzar sin una imprimación) tienen requisitos OPUESTOS. La forma en que se diseña la corrección de pruebas de DNA Pol hace que requiera una imprimación. Las ARN polimerasas no se corrigen (hay algo diferente que hacen, pero …). Por lo tanto, no se les impide cebar / iniciar la síntesis sin cebador.

Versión más larga: para que la ADN polimerasa ‘corrija’ (para que su actividad exonucleasa 3 ‘-> 5’ pueda ‘eliminar’ las bases no coincidentes) deben ocurrir varias cosas importantes. La primera es que después de que la ADN polimerasa agrega incorrectamente una base (o, más probablemente, ‘agrega algo que parece encajar por un momento, pero no continúa encajando’), es CRÍTICO que la base esté mayormente ‘sola’ ‘en términos de’ pegarse ‘a la plantilla. En otras palabras, para que la corrección de pruebas funcione, la base recién agregada debe poder ‘soltarse’ (no en la unión covalente 5 ‘-> 3’, sino en el emparejamiento de la base con la cadena de plantilla). ¡Esto requiere un “agarre muy flojo” por parte de la ADN polimerasa en las bases que se agregan! (para cuando esté revisando, tenga en cuenta que la base ANTES de que la base recién agregada esté contribuyendo a la estabilización de la base recién agregada; una imprimación existente está ‘ayudando a mantener’).

Ahora veamos el cebado. Si lo piensa, cuando COMIENCE una cartilla, todavía no hay bases de la cartilla; solo hay una hebra de plantilla ‘desnuda’. Entonces, lo ÚNICO que contiene la primera base que va a agregar (el ‘cebador’) es el emparejamiento de bases más cualquier ‘ayuda’ que una polimerasa de agarre esté agregando para ayudar. Por lo tanto, para que las cosas sean lo suficientemente estables como para ‘hacer que la pelota ruede’, la ARN polimerasa debe ‘ayudar’ al ‘agarrar’ algo el primer nucleótido. Por lo tanto, parte de la “energía coincidente” proviene de una tendencia general de la ARN polimerasa a “mantener” la primera base en su lugar mientras aparece una segunda y se prepara para unirse. La primera base del cebador es esencialmente el equivalente de la base agregada recientemente cuando se extiende un cebador existente.

¿Ves lo que hicimos allí? Para COMENZAR una cartilla, debemos mantener la base que vamos a agregar relativamente FUERTE. Para PROOFREAD una base adicional, debemos mantener la base equivalente relativamente DÉBIL. No puede tener ambas, por lo que en la ADN polimerasa, la evolución ha elegido la precisión a expensas de poder cebar; en la ARN polimerasa, tenemos cebado, pero esto tiene un costo en precisión.

¿PODRÍA haber una polimerasa que funcionara con los desoxirribonucleótidos y los cebadores (una cebador de ADN polimerasa)? Absolutamente. Simplemente sería un asco en su trabajo de ser la copiadora más precisa de material genético que se puede construir.

Segun lo que se

DNA pol necesita un extremo 3′-OH preexistente desde el cual pueda catalizar el enlace fosfodiéster entre 3′-OH y 5′-P y luego polimerizar más. Es decir, solo puede extender una cadena de 3′-OH. Este 3′-OH preexistente lo proporciona el cebador de ARN.

El ARN pol también necesita 3′-OH para formar un enlace fosfodiéster. PERO en este caso, el ARN pol tiene la capacidad de organizar el primer ribonucleótido entrante complementario a la plantilla de ADN de manera estable y el próximo ribonucleótido entrante para unirse con la geometría correcta en una posición helicoidal estable de modo que esa extensión adicional sea estable. Después de eso sigue una simple polimerización de ARN.

Las ARN polimerasas requieren factores de transcripción (proteínas especiales) para unirse a las regiones promotoras y potenciadoras del ADN aguas arriba del área que se transcribirá. Ellos, y la ARN polimerasa, forman el complejo de iniciación de la transcripción, que se requiere antes de que comience realmente la transcripción.

Entonces, no hay imprimación con precisión, pero sí requieren otras cosas para la unión.

Google “complejo de iniciación de la transcripción” para más detalles. O aquí hay un video:

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