En términos del efecto de un fenotipo, la recombinación tiene el mismo efecto que una mutación: cambia el fenotipo. La recombinación cambia la combinación de alelos (formas de genes) en la descendencia. La mayoría de los genes contribuyen a más de un rasgo (pleiotrofia), y la mayoría de los rasgos están compuestos por muchos genes (poligénicos). Entonces, cambiar la combinación de alelos (formas de genes) por recombinación producirá fenotipos específicos. Como la selección está en el nivel del individuo, esa combinación se seleccionará y conservará. Así, después de muchas generaciones, el nuevo fenotipo se convertirá en el único fenotipo y los otros alelos desaparecerán de la población.
Las mutaciones se consideran “cambios aleatorios” en la secuencia de ADN. Necesito insertar una nota de precaución aquí: las mutaciones son “aleatorias” con respecto a las necesidades del individuo o la población . A nivel de las secuencias de bases, algunas secuencias están más sujetas a mutaciones que otras, y algunas mutaciones son más probables que otras. Las mutaciones crean nuevos alelos de un gen; alelos que nunca antes estuvieron en la población.
Las mutaciones también pueden cambiar el fenotipo. Por lo tanto, la mutación es un fenotipo diferente y estará sujeta a selección. Si el nuevo fenotipo es ventajoso en ese entorno particular, se seleccionará y, a lo largo de generaciones, se convertirá en el único fenotipo y los otros alelos desaparecerán de la población.
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