La secuenciación de nanoporos se basa generalmente en observar el cambio en la corriente continua (amperaje) a través de la proteína de nanoporos debido a cierto sesgo de señal y ADN que atraviesa el poro. La alfa-hemolisina es un nanoporo común, ya que el tamaño de poro es lo suficientemente grande como para que una sola cadena de ADN lo atraviese, por lo que el ADN tendrá un efecto significativo en el camino general que puede tomar la corriente. Algunos residuos de aminoácidos en el revestimiento de la proteína del poro se cambian típicamente para reducir la carga, ya que la carga dificulta que el ADN se deslice. Por ejemplo, los residuos de ácido aspártico (polar) se cambian a asparagina (neutral). Desde una perspectiva de llamada base, la longitud del túnel de poros también es importante. Por ejemplo, en los dispositivos Oxford Nanopore, 5 bases interactúan con el poro y afectan el picoamperaje en cualquier momento dado. Esto le da 5 oportunidades para observar cada base, y computacionalmente deconvoluciona la señal en la secuencia más probable de bases usando un Modelo de Markov Oculto. Más interacciones concurrentes significa más poder para deconvolucionarse, pero esto puede intercambiarse contra el ruido inherente de espacios de interacción más grandes. Finalmente, para fines prácticos, se prefieren las proteínas que son estables durante largos períodos de tiempo a temperatura ambiente. Esto le permite enviarlos fácilmente y hace que el dispositivo dure más.
Entonces:
1. Tamaño del poro.
2. Carga del revestimiento del poro.
3. Longitud del túnel versus ruido inherente de interacción.
4. Estabilidad de los poros.
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