Gran tamaño, ploidía y repeticiones, aunque no todos los genomas de plantas tienen ninguno o todos estos.
Si bien hay plantas con genomas modestos, muchas son descomunales. Cada cromosoma de tulipán es esencialmente tan largo como todo el genoma humano. Por lo tanto, cualquier técnica que aplique debe generar muchos datos sin procesar, lo que significa un alto costo.
Ploidía y repeticiones son más o menos dos caras de la misma moneda problemática. Ambos dan como resultado que a menudo haya muchos conjuntos posibles con un soporte similar. Muchas especies de cultivos son altamente poliploides; no se desconoce la decaploidía o superior. Los genomas diploides dan dolores de cabeza a los programas de ensamblaje; solo empeora mucho con la ploidía más alta.
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La solución a esto es usar una combinación de tecnologías, Illumina para proporcionar datos masivos, lecturas largas y ruidosas de PacBio o el error de Oxford Nanopore corregido con los datos de Illumina para una mayor contigüidad (o tal vez andamios con nubes de lectura x10X) y datos de HiC para andamios de largo alcance.
