Desde la perspectiva del consumidor, hay algunas diferencias importantes:
- La longitud de lectura de 454 es actualmente significativamente más larga que la de Illumina, aunque Illumina está trabajando duro para ponerse al día.
- Illumina genera significativamente más lecturas que 454. En un HiSeq, puede esperar obtener 200 millones de lecturas por línea, con 7 líneas de secuencia en una sola celda de flujo. Con 454, puede esperar obtener aproximadamente 1 millón de lecturas en una celda de flujo completa.
- Illumina es mucho más barata en términos de secuencia generada por dólar.
- 454 usa química de pirosecuenciación, mientras que Illumina usa terminadores reversibles. Desde la perspectiva del usuario, eso significa que los modos de error serán muy diferentes. 454 tenderá a tener indeles, especialmente en tramos de homopolímero; Illumina tenderá a tener sustituciones. Sin embargo, creo que las tasas de error sin procesar son comparables en general.
Otros jugadores importantes para ver incluyen IonTorrent, que utiliza pirosecuenciación basada en silicio en lugar de óptica. Y las empresas de secuenciación de nanoporos.
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