Existen muchos mecanismos diferentes, a menudo varios por especie. Una de las más simples y efectivas es la dispersión. Esto podría tomar la forma de que los machos sean expulsados de un grupo familiar en la adolescencia (como con los leones, por ejemplo), o, más simplemente, la propagación de formas sexuales a larga distancia (como con muchas especies de hormigas).
Además de esto, existen otros mecanismos que alteran la preferencia de pareja para reducir la endogamia. En los ratones (y probablemente en muchas otras especies), parece haber un método basado en el olor para identificar la relación, por el cual el individuo prefiere reproducirse con parejas más distantes. Tradicionalmente, en ratones, se ha sugerido que este es un importante complejo de histocompatibilidad vinculado, pero un trabajo reciente sugiere que podría ser un complejo de genes variable diferente. En algunas otras especies, como los espinosos, existe una buena correlación con el MHC, pero la prueba no es rigurosa, pero el fenómeno es claro. Este patrón de identificación de relaciones a través del olor probablemente esté muy extendido.
(Como nota al margen, hay varios documentos que sugieren que lo mismo sucede en humanos, con preferencia basada en el olor por individuos no relacionados que se afirma que están asociados con MHC. Estos son documentos muy malos, con un pequeño número de sujetos, estadísticas descuidadas y un diseño experimental en general deficiente, y casi con certeza no es un efecto real, a pesar de lo que afirman los comunicados de prensa hiperentusiastas).
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Existen otros mecanismos para evitar la endogamia que se entienden menos, como en los humanos, donde hay un componente mental obvio asociado con la crianza conjunta; The Language Instinct de Stephen Pinker (creo que fue) cita una larga lista de evidencia de esto, pero la causa subyacente no se conoce en detalle.
Aunque la tendencia a evitar la endogamia está muy extendida, rara vez es absoluta. Es decir, si bien casi todas las especies prefieren aparearse con individuos no relacionados, esta es una preferencia, no una ley en blanco y negro, y si los únicos individuos cercanos están relacionados, generalmente se producirá la endogamia. Aún así, las preferencias de endogamia son preferencias bastante fuertes, y generalmente la endogamia se evitará razonablemente en una población suficientemente diversa. Se descompone en poblaciones confinadas, o en poblaciones donde la diversidad ya es relativamente baja, por lo que las opciones son limitadas.