La epigenética contribuye a la regulación y expresión de los genes, y en algunos casos está influenciada por el medio ambiente. La expresión de genes todavía está controlada principalmente por otros genes reguladores.
Una gran parte de los mecanismos epigenéticos se controlan internamente, como parte del desarrollo normal; estos pueden tener un desencadenante ambiental inicial, pero no directamente. En el caso de la metilación del ADN de la planta, el entorno externo generalmente no es importante en absoluto. La metilación del ADN vegetal está presente principalmente para la “defensa del genoma”, es decir, la supresión de elementos transponibles.
Los desencadenantes ambientales y regulatorios son una red compleja: la epigenética es realmente solo otra capa de regulación génica. Más específicamente, parece proporcionar un medio de regulación del genoma global. Como con cualquier cascada, es una vía de muchas moléculas que interactúan entre sí.
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Para algunos ejemplos, vea Herramientas de enseñanza. La vernalización en Arabidopsis es uno de los ejemplos mejor caracterizados de regulación ambiental de un fenómeno epigenético.