Los eucariotas (especialmente los multicelulares) como nosotros generalmente vienen con dos conjuntos de cromosomas. Es decir, para cada uno de nuestros cromosomas 1 a 22 hay una segunda copia. El cromosoma 23 también existe como un par, pero es XX (dos copias de X) o XY, estos son una excepción, ya que X e Y son bastante distintos. Uno se hereda de la madre, uno del padre (por lo tanto, no solo con respecto a X e Y, todo el conjunto existe por duplicado).
Esta situación se llama diploide. Muchos organismos también son haploides (también lo son nuestros espermatozoides y oocitos), y específicamente las plantas pueden ser poliploides, es decir, múltiples cromosomas de un tipo (esto también puede ser el resultado de la reproducción, estos a menudo son más grandes, dan frutos más grandes, etc.).
La consecuencia es que cada gen en un cromosoma tiene, por así decirlo, como hermano en el segundo cromosoma (o cromosomas, como en el caso de las plantas). Esto está ligeramente idealizado, ya que los mecanismos genéticos pueden conducir a la eliminación o multiplicación de copias, pero esta es la idea.
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Estas copias se llaman alelos de un gen.
El término también se usa en el sentido de variantes genéticas, es decir, un alelo específico de un gen, con una secuencia específica.