El “mejor” marcador es muy situacional. Si se compara entre SNP y SSR, los SNP generalmente son mejores para su situación.
Los SNP mutan relativamente más lento y se pueden modelar bastante bien con el modelo infinitesimal. Entonces son buenos para recoger más relaciones a distancia. Sin embargo, dado que está comparando diferentes especies que pueden ser bastante divergentes, es probable que desee buscarlas dentro de datos de secuencias (en lugar de una matriz) en varios loci.
Por supuesto, los SNP se pueden analizar de muchas maneras diferentes ahora. RADSeq es una forma bastante buena de hacer este tipo de estudio, pero puede ser costoso. El enfoque más clásico es la secuenciación de Sanger de varios loci por PCR.
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Los SSR, por el contrario, mutan relativamente rápido y con frecuencia, pero de manera gradual. Son buenos si estás comparando dos individuos muy relacionados. Por lo general, estos no funcionan bien en el nivel interespecífico, pero si están estrechamente relacionados, es probable que aún obtenga información útil.
