Ok, comencemos con la primera pregunta. Las partículas de materia oscura serían atraídas por la gravedad de la Tierra, y la Tierra sería atraída por la materia oscura. El hecho de que las partículas pasen a través de la Tierra no es un problema, comprenda que realmente no sabemos nada sobre la materia oscura, pero sí sabemos que hay muchas partículas que pasan a través de la Tierra todo el tiempo. Se llaman neutrinos, y para citar el ‘qué pasaría si xxcd’ (neutrinos letales), alrededor de un billón de neutrinos del Sol pasan por tu mano cada segundo. Los neutrinos tienen una masa muy pequeña, pero apenas interactúan con la materia, yo especularía que esperamos que la materia oscura tenga la misma propiedad. Si las partículas de materia oscura se mueven muy rápido de lo que no se acumularían en el núcleo de la Tierra (supongo que eso es lo que quiere decir al preguntar por qué ignoran la gravedad de la Tierra).
En segundo lugar, se supone que la materia oscura (hasta donde yo sé) está distribuida de manera bastante uniforme en toda la galaxia. Eso significaría que la Tierra está rodeada de materia oscura, pero nuevamente, eso no es un problema. La gravedad dobla la luz porque altera la curvatura del espacio-tiempo como lo describe la teoría general de la relatividad. Hay situaciones en las que la curvatura del espacio puede llegar a ser tan extrema que la luz no puede escapar, pero eso solo ocurre en los agujeros negros. Debido a que la materia oscura se distribuye uniformemente a través del sistema solar y mucho más allá, no tendrá ningún impacto medible en las órbitas de los planetas o la curvatura del espacio dentro del sistema solar. La única forma en que se evitaría que la luz solar llegue a la Tierra desde el Sol (debido solo a la gravedad) sería que haya un agujero negro en el camino (Descargo de responsabilidad, no sé si eso funcionaría. Especularía que , debido a que la luz del Sol que se acerca al horizonte de eventos sin entrar en el agujero negro tendría un camino extremadamente curvo y podría llegar a la Tierra. Especularía aún más que probablemente requeriría que la Tierra estuviera dentro del evento. horizonte para evitar por completo que la luz del Sol llegue a la Tierra, pero esto es solo una suposición). Aquí hay una imagen simulada de cómo se vería un agujero negro, debería darle una idea de lo que sucede con el camino de la luz. 
Hasta donde sé, la materia oscura no tiene nada que ver con el desarrollo de, para usar sus palabras, un punto gravitacionalmente dominante en una nube de gas. Algo más sería responsable de eso. Finalmente, realmente no entiendo exactamente lo que estás preguntando acerca de la fusión de los átomos, pero las fuerzas electromagnéticas son mucho más fuertes que la gravedad y hay todo tipo de otros detalles de la mecánica cuántica con respecto a la física de los átomos. Los átomos no se ‘unen’ en el sentido que creo que estás pensando. Los Quarks están unidos formando protones y neutrones por la fuerza nuclear fuerte y la fuerza electromagnética une los electrones al átomo. La estructura de un átomo no tiene nada que ver con la gravedad.
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