El genotipo se refiere solo a los genes para un rasgo en particular, como el genotipo que le dará sangre tipo AB o un clavel rosado. No tiene que ser un solo par de alelos, pero puede incluir dos o más, ya que muchos rasgos surgen de un efecto colaborativo de diferentes loci genéticos.
Cultivar y variedad parecen conceptos muy similares, pero creo que cultivar se refiere más a plantas (como cultivares de rosas o manzanas) y se refiere explícitamente a la selección artificial (variedades producidas por reproducción humana intencional). La variedad puede referirse tanto a plantas como a animales (u hongos o protistas o bacterias quizás) y puede referirse a un producto de selección artificial por humanos, o variedades que surgen en la naturaleza por separación geográfica y selección natural. He visto muchos organismos naturales con nombres latinos en el formato (para inventar un nombre) Animalius particularis var. americanus Cuando ocurre naturalmente, una variedad es como un trampolín en la especiación; se podría esperar que un aislamiento de grupo genético más prolongado produzca tanto efecto acumulativo de mutación y selección que la variedad se volvería infértil con el otro grupo genético y las dos serían, por definición, especies separadas. Llamamos a estas especies recientemente divergidas “especies hermanas”.
La línea endogámica solo significa que un grupo de organismos proviene de uno o un pequeño número de antepasados comunes. Puede ocurrir naturalmente cuando solo hay una población muy pequeña de algunas especies como el rinoceronte blanco; o por la misma razón en cautiverio, como cuando hay pocos miembros sobrevivientes de una especie, excepto en los zoológicos, y los criadores están tratando de preservar la especie; o en laboratorios donde los científicos producen deliberadamente organismos genéticamente uniformes, como una línea endogámica (cepa, variedad) de ratas o ratones que son organismos modelo particularmente buenos para el estudio del cáncer o la fibrosis quística.
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Tal vez un genetista de Quora pueda intervenir y afirmar, corregir o amplificar esto.