Bueno, antes que nada, debes darte cuenta de que la gran mayoría de las transcripciones no están codificadas, así que no tienes ningún marco de lectura para hablar.
Sin embargo, creo que es un problema extremadamente difícil predecir los límites exactos de la transcripción para todas las transcripciones. Sí conocemos muchos motivos asociados con el inicio de la transcripción, el empalme, la omisión de exón, etc., pero estos motivos solo están relacionados probabilísticamente y no garantizan que los límites ocurrirán donde crees que ocurrirán.
El software de predicción de genes existente no basa su precisión en encontrar transcripciones exactas, sino en encontrar loci de genes. Pero con la disponibilidad de secuenciación completa de transcriptomas y ensamblaje de transcripción ab initio , no creo que tratar de predecir transcripciones exactas sea muy útil de todos modos.
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