¿Cuál es la razón / principio del uso de microsatélites (SSR / STR) como marcadores genéticos?

Los microsatélites se heredan de manera estable, tienen ubicaciones físicas (y, por lo tanto, se heredan con genes vinculados físicamente), son neutrales, son altamente polimórficos y son baratos de analizar (están basados ​​en PCR y en longitud).

Esas son las características que desea para un marcador.

Más detalles / inconvenientes, en comparación con los SNP:
La razón principal de su popularidad (inicial) es que solo necesita datos de secuencia para diseñar SSR, ya que las regiones repetitivas son predecibles. Tendrá que probarlo en una población, pero es probable que funcione un buen porcentaje. Los SNP en contraste requieren secuencias de muchos individuos (HapMap). Además, son menos comunes, no están distribuidos de manera uniforme, son más difíciles de paralelizar, mutan con más frecuencia (mejor para estudios sobre una historia evolutiva más corta, peor para historias más largas) y tienen un alto contenido de información (porque pueden ser multialélicos, donde los SNPs son casi todos bialélicos).