¿Qué sucede a nivel molecular cuando dos rayos láser se enfrentan directamente?

A nivel molecular? Nada que no suceda con un solo láser en el mismo escenario. Si los dos haces se derivan de un solo láser (por ejemplo, a través de un divisor de haz), interferirán y producirán una onda estacionaria, y la intensidad en los picos de la onda estacionaria será hasta dos veces mayor de lo que sería de lo contrario, cualquiera que sea la molécula que se encuentre cerca y que tenga bandas de absorción que se superpongan a la longitud de onda del láser, vería un aumento en la absorción y el correspondiente cambio físico o químico (por ejemplo, podrían calentarse).

Si los dos haces provienen de diferentes láseres, es muy poco probable que sean coherentes entre sí, por lo que no obtendría un gran efecto de interferencia, y el efecto combinado sería la combinación de los efectos de cada uno de los láseres por separado.

Una cosa que no está relacionada con lo anterior: en algunos casos, si aplica un láser directamente a otro láser, puede provocar que el primer láser se vuelva inestable.

Los dos láseres interfieren. Los picos amplifican los picos, los canales se restan de los picos. Esto también puede suceder en el vacío. Las moléculas no tienen nada que ver con eso.