¿Cómo determinan los científicos la similitud genética entre las diferentes especies animales?

Estás en el camino correcto.

97% se refiere a la secuencia directa. Esa estimación en realidad varía mucho (he visto rangos de <90-98.8%), dependiendo de lo que considere "similar". (El ejemplo más simple que me gusta usar de por qué esto varía es uno con secuencias repetitivas. ¿Cuál es la similitud entre AAAAB, AAAB, AAABAAAB y AAAA? ¿Confía en las secuencias únicas, la longitud, alguna combinación de las dos, o algo así? ¿más?)

Entonces … incluso en esos números, los humanos y los neandertales aún comparten más ADN que con los chimpancés.

Wikipedia:

Según las secuencias preliminares, el 99.7% de los pares de bases de los genomas humanos y neandertales modernos son idénticos, en comparación con los humanos que comparten alrededor del 98.8% de los pares de bases con el chimpancé.

Proyecto genoma de neandertal

En la fuente directa con respecto al 1-4%. Los subrayados son míos:

El alcance de la ascendencia neandertal.
Para estimar la proporción de ascendencia neandertal, comparamos la similitud de los no africanos con los neandertales con la similitud de dos neandertales, N1 y N2, entre sí. Bajo el supuesto de que no hubo flujo de genes de los neandertales a los antepasados ​​de los africanos modernos, la proporción de ascendencia neandertal de los no africanos, f , se puede estimar mediante la relación S ( OOA, AFR, N1, chimpancé ) / S ( N2 , AFR, N1, chimpancé ), donde el estadístico S es una versión no normalizada del estadístico D. Usando neandertales de Vindija, así como Mezmaiskaya, estimamos que f está entre 1.3% y 2.7% .

Un borrador de secuencia del genoma neandertal
En palabras más simples, si establece una línea de base del 0% para los neandertales y los africanos modernos, f es el porcentaje estimado que le da del 1 al 4%. Se centra en las diferencias.

Gran pregunta, por cierto. Tuve que buscarlo yo mismo para estar seguro, y muestra que los genetistas necesitan ser más precisos en su idioma.

Una forma es la hibridación de ADN.

Si calienta el ADN, los enlaces de hidrógeno que mantienen juntas las cadenas complementarias se separan. Cuando se enfría nuevamente, las hebras complementarias se vuelven a unir formando la doble hélice nuevamente.

Si mezcla dos muestras de ADN diferentes juntas, caliéntelas y enfríelas, algunas cadenas complementarias de diferentes muestras se unirán en la medida en que sean similares. La cantidad de energía que se necesita para separar las cadenas híbridas nuevamente se usa como una medida de su similitud. Cuanto más similares son los hilos, más energía se necesita para separarlos.

Hoy en día, existen técnicas más precisas para comparar secuencias, pero pensé agregar esto porque este método se utilizó por primera vez para determinar que los humanos están más estrechamente relacionados con los chimpancés que cualquier otra especie que tenga un 97,5% de similitud.

Descargo de responsabilidad. No soy genetista. O todo lo bueno de las matemáticas.

Pero mirando sus preguntas, es perfectamente posible para nosotros compartir el 4% del ADN de los neandertales y el 97% del ADN de los chimpancés y aún estar más estrechamente relacionados con los neandertales.

Esto se debe a que los neandertales también pueden haber compartido un 97% de ADN de chimpancé y tenemos el ADN de neandertal en capas con nuestro ADN de chimpancé compartido.

Por cierto, ¡también compartimos una secuencia de ADN responsable del uso de azúcar con los árboles! Al menos eso es lo que dijo Neil DeGrasse Tyson. Bastante bien, ¿eh?

Prueban muestras y mapean el ADN de varios individuos, para tener una idea general de lo que comprende un perfil de ADN para la especie, luego comparan el perfil con el de otras especies, géneros, filos, reinos, lo que sea. Esto es parte de una disciplina llamada filogenética molecular.